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茄子基因组研究迈入高清时代。

发布时间:19-11-05 阅读:649

茄子基因组图谱本报讯 10月31日,由广西农业科学院蔬菜钻研所钻研员王益奎领衔的钻研团队,于生物学论文预印本办事器BioRxiv在线宣布了染色体级其余高质量茄子基因组序列。该团队采纳PacBio测序技巧,结合Dovetail Hi-C建库技巧与HiRise组装算法,得到了今朝继续性最好的茄科作物基因组,标志着茄子基因组钻研迈入了高清期间。茄子是茄科最紧张的作物之一,在茄属植物中产量和经济代价居第三位。本次公布的茄子参考基因组,Contig N50达到了5.3Mb,Scaffold N50 更是达到了93.9 Mb,序列总长度1155.8 Mb。之前,日本和意大年夜利的团队分手颁发了以二代测序技巧为主得到的茄子参考基因组。此次我们采纳最新的三代测序技巧和Hi-C技巧得到的茄子基因组,在组装质量和继续性上远远高于国外钻研团队的基因组版本。论文通讯作者、项目认真人王益奎说,以近来意大年夜利团队颁发的茄子基因组为例,其Contig N50 为16.7Kb,而我们的基因组版本Contig N50达到5.3Mb,继续性前进300多倍。经由过程对照基因组学阐发发明,茄子物种特异的646个基因家族和364个阳性选择基因,付与了茄子特有的性状。钻研团队进行了抗病基因的全基因组剖断,发明在茄子和辣椒中有一个扩大的细菌斑点抗性基因家族,而在番茄和马铃薯中没有。此外,钻研团队发明,在茄子、番茄和马铃薯基因组中,多酚氧化酶基因的染色体散播模式高度相似。高质量的茄子参考基因组序列不仅有利于茄科植物的进化钻研,更为茄科植物的选育和改善供给了便利。相关论文信息:https://doi.org/10.1101/824540滥觞:食物资讯中间



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